第１展示室
　日本列島に人類が登場した旧石器時代から中央集権体制の律令国家が成立した奈良時代まで、５つのテーマを設けて日本文化の形成過程を展示しています。テーマ：「日本文化のあけぼの」「稲と倭人」「前方後円墳
の時代」「律令国家」「沖の島」

第２展示室
　平安時代から安土桃山時代までの日本の文化と生活を貴族や武士、庶民といった様々な階層の立場から探っていきます。テーマ：「王朝文化」「東国と西国」「大名と一揆」「民衆の生活と文化」「大航海時代のなかの日本」「印刷文化」

第３展示室
　江戸幕府の基盤を支えた農民の姿や村の情景、庶民のたくましく旺盛な情念と活躍の姿。また、世界的な巨大都市として繁栄した江戸の町を精密な模型で示しています。テーマ：「百姓の世界」「都市の繁栄」「道と旅」
「躍動する民衆」「文書と絵図は語る」

第４展示室
　都市・農村・山村・漁村そして南島というそれぞれの生活空間における多様な生活様式や精神生活を「日本人の民俗世界」と題して紹介しています。テーマ：「都市の風景」「村里の民」「山の人生」「海浜の民」
「南島の世界」「再生の世界」

第５展示室
　日本と西欧諸国とのさまざまな交流、維新後の教育、自由民権運動等を通し文明開化の胎動と広がりを展示しています。テーマ：「文明開化」「産業と開拓」「都市の大衆の時代」

くらしの植物苑
　生活文化を支えてきた植物を「食べる」「織る・漉く」「染める」「治す」「道具をつくる」「塗る・燃やす」の６つのテーマに分け展示しています。